Depuis son évasion de Sona en compagnie de Michael Scofield, James Whisler, Luis Mc Grady et Lincoln Burrows, Alexander Mahone a fait équipe avec James Whisler pour travailler contre le Cartel car la chute du Cartel est la seule façon pour lui de mener une vie de famille normale.
Or, lorsque James Whisler est tué par Wyatt l'un des assassins du cartel, Mahone se retrouve isolé. Il décide donc de rentrer à Durango où son ex-femme et son fils vivent, lorsqu'il arrive sur place Wyatt a tué son fils. Mahone fou de rage et de douleur se précipite vers la maison, mais les policiers présents sur place le retiennent et le reconnaissant l'arrêtent.
Il intègre l'équipe la plus inattendue qui soit formée par l'agent spécial de la sécurité du territoire Don Self. Elle est formée de Michael Scofield, Lincoln Burrows, Brad Bellick, Alexander Mahone, Fernando Sucre, Sara Tancredi (dont la prétendue mort lors de la saison précédente a été falsifiée) et un inconnu de la série expert en piratage informatique du nom de Rolland Glenn.
Leur but : mettre la main sur Scylla qui est un fichier informatique, et qui selon eux, est le livre noir du cartel contenant les noms et les adresses de chacun de ses membres mais ils apprendront par la suite qu'il s'agit de bien plus que ça. Mahone a déjà profondément changé. L'assassinat de son fils par ce tueur, Wyatt, l'a mis dans une rage folle. Il semble en retrait. Il ne réagit même pas quand Lincoln le menace en lui disant : « Quand tout ça sera fini, toi et moi, on réglera nos comptes ». Néanmoins, il participe efficacement au travail d'équipe. En effet c'est lui qui localise la première carte grâce au chauffeur de la voiture qu'il a formellement reconnu.
Les tensions s'apaisent au sein du groupe et Alex est vu comme un allié et un atout précieux même s'il est obnubilé par la vengeance. Il en vient même à sympathiser avec Lincoln qui lui propose même son aide pour retrouver Wyatt. Mahone est une nouvelle fois arrêté alors qu'il tente de faire sortir le copieur d'un bureau de paris. Donald Self parvient à faire récupérer le copieur mais il ne parvient pas à faire sortir Alex de prison. L'équipe se mouille et fait évader Mahone lors de son procès. Lorsque Roland Glenn est abattu par Wyatt, Mahone lui met la main dessus et manque de le tuer sous les coups si Lincoln ne s'était pas interposé. Après avoir persuadé Wyatt de faire croire au général que Scofield et les siens sont tous mort, le tueur est abandonné à la colère de Mahone qui après l'avoir torturé le jette dans le port avec un plot de ciment. Une fois que justice a été faite pour Alex, il est devenu d'autant plus actif au sein du groupe et ne manque jamais une occasion d'apporter son soutien à Michael ou à Lincoln qui sont ravis de pouvoir compter sur lui. C'est lui qui tente de rentrer en contact avec le FBI pour trouver quelqu'un qui pourrait mettre le cartel hors d'état de nuire après la défection de Self. Il est arrêté par ses deux anciens collègues : Marc Wheeler et Félicia Lang. Il réussit à s'enfuir lors de son transfert et rejoint, Burrows, Self, Bagwell, et Gretchen à Miami.
Mahone arrive à temps pour permettre à Lincoln de conserver le commandement de son équipe recomposé de Self, Bagwell et Gretchen. Mahone semble avoir changé puisqu'il convainc Lincoln de ne pas tuer Gretchen, il refuse aussi de tuer Cristina Scofield si ce n'étais pas nécessaire.
Il rejoint finalement Michael et Sara, lorsque Michael doit choisir entre Lincoln et Sara, Alex conseille à Scofield de sauver son frère. Il risquera sa vie pour libérer Lincoln de la mère à Michael. Il se fait arrêter par des agents du FBI alors qu'il conduit Lincoln grièvement blessé à l'hôpital. Mahone interrogé par les agents du bureau refuse de donner l'endroit où se cache les deux frères. Lorsque Scofield et Burrows auront remis Scylla à l'ONU. Alexander Mahone sera libéré et blanchi par Paul Kellerman. Dans le flashforward de l'épisode 22, qui se déroule 4 ans plus tard, on peut voir que Mahone s'est marié avec Felicia Lang, son ancienne coéquipière au FBI, en effet son ex-femme Pamela ne veut pas refaire son histoire avec Alexander car trop de choses se sont passées entre eux.
Mer 13 Aoû - 16:52 par 
